อำเภอบางคนทีแบ่งเขตการปกครองย่อย เป็น 13 ตำบล 101 หมู่บ้าน

1. กระดังงา(Kradangnga)                      13 หมู่บ้าน

2.บางสะแก(Bang Sakae)                       7 หมู่บ้าน

3.บางยี่รงค์(Bang Yi Rong)                    10 หมู่บ้าน

4.โรงหีบ(Rong Hip)                              9 หมู่บ้าน

5.บางคนที (Bang Khonthi)                     9 หมู่บ้าน

6.ดอนมะโนรา(Don Manora)                    8 หมู่บ้าน

7.บางพรม(Bang Phrom)                         8 หมู่บ้าน

8.บางกุ้ง(Bang Kung)                             7 หมู่บ้าน

9.จอมปลวก(Chom Pluak)                       7 หมู่บ้าน

10.บางนกแขวก(Bang Nok Khwaek)         7 หมู่บ้าน

11.ยายแพง (Yai Phaeng)                        5 หมู่บ้าน

12.บางกระบือ(Bang Krabue)                    5 หมู่บ้าน

13.บ้านปราโมทย์ (Ban Pramot)                6 หมู่บ้าน