อำเภอบางคนทีแบ่งเขตการปกครองย่อย เป็น 13 ตำบล 101 หมู่บ้าน
1. กระดังงา(Kradangnga) 13 หมู่บ้าน
2.บางสะแก(Bang Sakae) 7 หมู่บ้าน
3.บางยี่รงค์(Bang Yi Rong) 10 หมู่บ้าน
4.โรงหีบ(Rong Hip) 9 หมู่บ้าน
5.บางคนที (Bang Khonthi) 9 หมู่บ้าน
6.ดอนมะโนรา(Don Manora) 8 หมู่บ้าน
7.บางพรม(Bang Phrom) 8 หมู่บ้าน
8.บางกุ้ง(Bang Kung) 7 หมู่บ้าน
9.จอมปลวก(Chom Pluak) 7 หมู่บ้าน
10.บางนกแขวก(Bang Nok Khwaek) 7 หมู่บ้าน
11.ยายแพง (Yai Phaeng) 5 หมู่บ้าน
12.บางกระบือ(Bang Krabue) 5 หมู่บ้าน
13.บ้านปราโมทย์ (Ban Pramot) 6 หมู่บ้าน